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Pour les articles homonymes, voir FASTA.
| Extension |
.fasta .fa |
|---|---|
| Type MIME |
text/plain |
| Développé par | |
| Version initiale | |
| Type de format | |
| Origine de | |
| Spécification |
Le format FASTA (ou format Pearson) est un format de fichier texte utilisé pour stocker des séquences biologiques de nature nucléique ou protéique. Ces séquences sont représentées par une suite de lettres codant des acides nucléiques ou des acides aminés selon la nomenclature IUPAC. Chaque séquence peut être précédée par un nom et des commentaires. Ce format est originellement issu de la suite de programmes FASTA mais, de par son utilisation très répandue, est devenu un standard de facto en bioinformatique[1].
La simplicité du format FASTA rend la manipulation et la lecture (ou analyse syntaxique) des séquences aisée par l'utilisation d'outils de traitement de texte et de langages de script tels que Python, R, Ruby ou Perl.
Un fichier au format FASTA est conventionnellement signalé par une extension .fasta ou .fa.
- (en) Cock PJ., Fields CJ., Goto N., Heuer ML. & Rice PM., « The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. », Nucleic Acids Research, vol. 38, no 6, , p. 1767-71 (ISSN 1362-4962, PMID 20015970, DOI 10.1093/nar/gkp1137)
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